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Beim Hovawart bewirkt das Zusammenspiel dreier Gene die Fellfarbe:

Im Folgenden sollen nur die beim Hovawart vorkommenden Genvarianten (Allele) erläutert werden.

Name	Genprodukt	Allele	Wirkung
Extension	Mc1r		Der Melanocortin-1-Rezeptor ist ein Rezeptorprotein, das in der Zellmembran der Pigment produzierenden Melanocyten in Haut und Haarwurzeln steckt. Er ist ein Schalter, der bewirkt, dass die Zelle schwarzes Eumelanin anstelle des roten Phaeomelanin produziert, solange das von der Hirnanhangsdrüse ausgeschüttete Melanozyten stimulierende Hormon (MSH) an den Rezeptor bindet.
		E	Das intakte Allel "E" erlaubt schwarz.
		e	Ist dieser Schalter defekt (Allel "e"), kann die Zelle nur rotes Pigment bilden. Farbgene, die Verteilung oder Intensität des schwarzen Pigments beeinflussen haben dann keinen Einfluss.
Black	DEFB103		DEFB103 gehört zur Familie der Defensine. Das sind kleine Proteine, die sonst eine wichtige Rolle bei der Abwehr von Krankheitserregern spielen. Sie sind wirksam gegen Bakterien, Viren und Pilze und werden von Epithelien (Deckgeweben) und weissen Blutkörperchen gebildet.
		K^B	Das Genprodukt von DEFB103 bindet stark an den Mc1r Rezeptor. Das defekte Allel verhindert die Ausbildung von Mustern durch Agouti-Allele und führt zu einheitlich schwarzer Färbung.
		k^y	Das Wildtypallel erlaubt Muster.
Agouti	ASIP		Agouti Signalpeptid (ASIP) ist ein kleines Protein, das von der Umgebung der Melanozyten ausgeschieden wird und an den Mc1r Rezeptor binden kann. Es verdrängt dann MSH und der Schalter steht auf "aus". Dann kann nur rotes Phaeomelanin gebildet werden.
		a^w	Das Wildtypallel a^w wird während des Wachstums der Haare periodisch an- aund abgeschaltet. Das führt zu der typischen Bänderung der Haare vieler Wildtiere und einiger Haushunde. Beim Hovawart kommt es nicht vor.
		a^t	Das "black and tan"-Allel führt zum Phänotyp "schwarzmarken". Es ist inaktiv in den schwarzen Bereichen und permanent aktiv in den Marken. Weshalb ist nicht bekannt. Agouti-Allele können nur wirksam werden, wenn der Rezeptor intakt ist, wenn also mindestens ein "E"-Allel vorhanden ist. Alle Hovawarte sind reinerbig a^ta^t.